Прямо напротив главного входа в монастырь обычно находится соборный храм. Он — духовный центр обители и, как правило, его архитектурная доминанта. По Апокалипсису в центре Небесного Иерусалима находится престол Бога. Монастырь как земное отражение Небесного Града имеет в центре своем храм. Храм — место, где совершается Божественная Литургия, и пребывает Сам Господь.

В большинстве случаев собор возводился на месте самой первой монастырской церкви, которая часто строилась основателями обители. Посвящение первого храма давало название всему монастырю. В соборе находились святыни, совершались главные службы, принимались высокие гости, зачитывались государевы и архиерейские грамоты.

Во многих монастырях возводились трапезные храмы, называемые так потому, что к ним примыкала трапезная. Трапезные могли вмещать всю братию. Здесь кроме общего вкушения пищи проходили соборы — общие монастырские собрания.

В обителях, как правило, было несколько церквей. Так, на территории Соловецкого монастыря в 1906 году было 8 храмов с 10 приделами в общей сложности. Каждый храм или придел в нем — это молитва о заступничестве определенному святому. Много храмов и приделов — молитва целому сонму святых, с которыми соединилось в данном монастыре представление об их особом покровительстве. Таково посвящение соловецких храмов Богородичным праздникам (Рождеству, Благовещению, Успению Пресвятой Богородицы), святителям Николаю и Филиппу, преподобным Зосиме, Савватию и Герману.

В монастырях возводились церкви, посвященные Небесным покровителям царствующих особ и их наследников. Нередко сами цари жертвовали деньги на подобные храмы, прося у братии тем самым молитвенного заступничества. Монашеские молитвы всегда считались наиболее действенными.

В центральном ансамбле Соловецкого монастыря находилось 5 таких храмов, и посвящены они были Усекновению главы Крестителя Господня Иоанна (святой Предтеча Иоанн — Небесный покровитель царя Иоанна IV Грозного), великомученику Димитрию Солунскому (покровителю Лжедмитрия I), святому Благоверному князю Александру Невскому (Небесному заступнику императора Александра II), преподобному Иоанну Лествичнику и святому великомученику Феодору Стратилату. Последние два храма — приделы Спасо-Преображенского собора — названы в честь Небесных покровителей сыновей Иоанна Грозного.

По количеству церквей, посвященных небесным покровителям членов царствующего дома, Соловецкий монастырь мог сравниться лишь с Кирилло-Белозерским. Таким образом, он превратился в важнейшее государево богомолье — место моления за царей и членов их семей.

Еще одно обязательное сооружение главного монастырского двора — колокольня (или звонница). Колокольня обычно самое высокое здание монастыря, его вертикальная ось. Благой вестью разносится колокольный звон, возвещая о начале богослужения. Звон, подобно кресту, соединяет небо и землю. С колоколен в монастырях велось наблюдение за окрестностями, и в случае приближения врага колокола немедленно начинали звонить. В непогоду звонари спасали десятки жизней, в пургу или в тумане они часами звонили, чтобы путники не сбились с пути. В Архангельске в Государственном архиве Архангельской области хранится даже дело под названием «О ведении церковного звона во время метелей с колокольни Михайло-Архангельского монастыря».

На территории центрального монастырского двора могли находиться иконописные мастерские, ризницы, книгохранительные палатки (библиотеки), казенные и оружные палаты, поварни (кухни), хлебни (пекарни), допускались здесь и больницы.

По периметру главного двора располагались кельи. Декор всех келейных корпусов одинаков. Даже настоятельский корпус ничем не выделялся среди других. Это единообразие в оформлении как бы выражает равенство монашеской братии пред Господом.

Окна большинства келий выходили на соборную площадь, из них монахи всегда должны были видеть храмы. Из большинства монашеских келий Соловецкой обители был виден престольный храм — Спасо-Преображенский собор.