Со времен древних палестинских лавр общежительные монастыри строились преимущественно по плану четырехугольника — такую форму имеет Небесный Град Иерусалим, описанный в Откровении Иоанна Богослова (Апокалипсисе).

Первые деревянные ансамбли Соловецкого монастыря тоже имели близкую к четырехугольнику форму. Первоначальный ансамбль, сформировавшийся в 50-х годах XV века, включал в себя церковь в честь Преображения Господня с приделом святителя Николая. К ним примыкала Трапезная палата, чуть к северу высилась звонница с каменными колоколами-билами. Окружали храмовый комплекс кельи и хозяйственные постройки. Монастырь был обнесен оградой. Первый деревянный ансамбль размещался на территории нынешнего Спасо-Преображенского собора.

В середине 60-х годов XV века при игумене Ионе монастырь подвергся значительной перестройке. Развивалось хозяйство, быстро увеличивалась братия — нужны были новые просторные храмы, кельи, хозяйственные постройки. На месте небольшой Преображенской церкви «построена была огромная деревянная церковь Преображения Господня с трапезою, и при ней с восточной стороны деревянная же церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы; при том устроены вновь келлии; и прочие монастырские службы». Отдельным храмом стал придел во имя святителя Николая.

Границы второго архитектурного ансамбля Соловецкого монастыря, также деревянного, были, предположительно, такими: северная часть ограды проходила чуть севернее Успенского Трапезного комплекса; южная — по линии Святительского келейного корпуса; восточный и западный участки ограды находились на линии нынешних крепостных стен. Этот ансамбль уничтожил пожар 1538 года.

Каменный ансамбль второй половины XVI века, как и деревянные, созидался в границах четырехугольника. Лишь при устройстве крепости архитекторам пришлось отступить от прежней формы. Изменить ее заставили особенности рельефа и требования обороны. В состав крепости вошли мельница, Сушило, другие хозяйственный постройки, чтобы монастырь мог существовать автономно и, в случае необходимости, выдерживать длительную осаду. Обитель с конца XVI века и по сей день имеет форму вытянутого пятиугольника. Форма эта также символична, так как схожа с кораблем, и напоминает о том, что монастырь — корабль спасения в житейском море.