В 1798 году здание перестроили под тюрьму, устроив здесь камеры-чуланы, где содержали заключенных, здесь же были «три покоя для дежурного офицера и казарма для караульных солдат». В 1838 году «острожный замок двухэтажный» надстроили третьим этажом.
Тюрьму на Соловках закрыли в 1903 году, и здание еще раз поменяло свое назначение. Здесь оборудовали больницу, а на верхнем этаже для лечившихся больных устроили церковь в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали». Ее освящение прошло 24 октября 1906 года.
В лагерное время в Иконописной палате размещался лазарет. После закрытия лагерей здесь были и островной совет, и библиотека, и магазин с аптекой. С 2005 года здание передано Соловецкому монастырю. Сейчас здесь находятся: на 1-м этаже издательский отдел и в летнее время паломническая служба, на 2-м — просторная летняя паломническая трапезная, на 3-м — также в летнее время, общежитие для трудников.
Рядом с Иконописной палатой в 1619 году был построен кожевенный склад. При тюрьме он поначалу служил кладовой. В 1827 году его переделали в жилые покои для караульного офицера и нижних чинов воинской команды, а при них устроили цейхгауз и магазин.
В 1642 году была построена двухэтажная Портная (Чоботная) палата, где шили одежду и обувь, размещались караульщики Никольских ворот, некоторое время здесь была столярная мастерская.
Своим северным фасадом выходит в Северный дворик Рухлядный корпус, построенный в конце XVI века. В одностолпных палатах здесь находились рыбный амбар и склад для «рухляди» одежды, обуви и т. д. В Северный дворик выходят также окна Наместнического корпуса XVII века постройки, где проживала братия, и действовало несколько мастерских.
Самые поздние постройки двора возводились уже в начале XX века. В корпусе между Иконописной и Чоботной палатами размещались больничные кухня и столовая, операционная и помещения для врачебного персонала.
Рядом с Никольской башней находилась одноименная гостиница. На втором этаже Никольского корпуса в 1992 году была устроена домовая церковь, где проходили первые богослужения возобновленной обители. Кроме домовой церкви здесь сейчас разместились покои наместника монастыря и братская трапезная.