Деревянный ансамбль монастыря возводился при игумене Ионе I (середина XV века). Святитель Филипп (1548−1566) начал каменное строительство. В годы его игуменства в обители появились Успенский трапезный комплекс, Спасо-Преображенский собор, Сушило, несколько каменных келейных корпусов. При преподобном Иакове, который руководил обителью с 1581 по 1597 годы, завершилось строительство Никольской церкви, возводилась крепость, началось строительство церкви Благовещения.
Так век за веком формировался монастырский град. Каждое здание вписывалось в уже существующий ансамбль, дополняя и украшая его. Постепенно созидался неповторимый, отличный от всех других, облик Соловецкой обители, который так дорог каждому русскому сердцу.