В тот же год к охранению Соловецкого монастыря по Указу Государеву присланы из Москвы нижеследующие ратные люди: Пан Севастьян Кобельский с 5 человеками Литвы, Стрелецкий голова Иван Михайлов Яхонтов с боярскими детьми, сотник Семен Юренев и 100 человек Московских стрельцов, к числу 500 прежде прибывших с Иваном Яхонтовым. Сии войска, простояв в монастыре всю осень, к зиме отправились на квартиры в волость Шую Корельскую, а Смирной-Щокуров с отдельным отрядом и Черкесский Атаман Василий Халетцкий с сорока человеками Серпуховских Черкесов (малороссийских казаков), возвратясь с похода на Каянских Немцов, годовали в Сумском остроге.
Дважды Соловецкой крепости приходилось отражать нападение неприятеля.
Во второй раз крепость подверглась нападению в середине XIX века во время Крымской (Восточной) войны. В 1854−55 гг. в Белом море находилась англо-французская эскадра. 6(19) июля два английских пароходофрегата подошли к монастырю, 7(20) июля они 9 часов обстреливали его, выпустив более 1800 снарядов. Обитель, несмотря на скудость вооружения и отсутствия военного гарнизона — к тому времени в ней находилась лишь инвалидная команда, охранявшая заключенных, — организовала достойное сопротивление противнику. Умело были расставлены пушки по крепостной стене и на мысу перед монастырем, вдоль береговой линии врага из ружей обстреливали стрелки, на защиту обители вместе с инвалидной командой встали ее насельники, находившиеся в то время на острове миряне и даже узники тюрьмы. Защищали они свой град не только пулями и снарядами, но и молитвой — во время обстрела не прекращалось богослужение, по стенам обители ходил крестный ход. Силы были неравные: против 60 пушек на кораблях обитель имела всего 10 пушек несопоставимо меньшего калибра, но англичане не смогли ни склонить монастырь к сдаче, ни высадить десант, на даже нанести обители существенный материальный ущерб. Соловецкая крепость еще раз продемонстрировала свои фортификационные качества, выдержав ураганный огонь, который, по свидетельству командира английской эскадры, мог разрушить несколько городов средней величины.