До устройства в XVII веке кладбища у южной стены монастыря его насельников хоронили на территории обители. Известно о нескольких десятках захоронений вокруг Спасо-Преображенского собора. Самые почетные места погребения находились к северу от него.

Церковь преподобного Германа — одно из таких мест. Она находится в небольшом дворике между Спасо-Преображенским собором и Никольским храмом. Церковь освящена в 1860 году. Это небольшое одноэтажное здание венчается луковой главкой. Церковь построена на месте древних деревянных часовен, в которых находились могилы трех святых: преподобных Савватия и Германа и святителя Маркелла. Кроме этого в церкви до сих пор находятся захоронения первого соловецкого архимандрита Илии (Пестрикова) (+1659) и старца Феофана (+1819).

За Германовской церковью, в подклетах Свято-Троицкого собора, находятся усыпальницы. Это также наиболее почетные для погребений места.

Напротив входа в подклет расположена часовня-усыпальница преподобного Иринарха, где под спудом покоились его мощи. Каменная усыпальница, сменившая деревянную, была устроена в 1753 году.

Игумен Иринарх руководил обителью с 1614 по 1626 гг. Он немало сделал для укрепления обороноспособности монастыря и его приграничных материковых вотчин, вступал в дипломатические переговоры со шведами, его стараниями было заключено перемирие с неприятелем. Игумен благословил преподобного Елеазара на пустынножительство на Анзере, а сам последние два года жизни провел в безмолвии в пустыни. Скончался преподобный Иринарх в 1628 году.

За стеной находится усыпальница святителя Филиппа. В нее поместили мощи святого после их перенесения из Твери в 1591 году, здесь они покоились до того, как их перенесли в Спасо-Преображенский собор в 1646 году. Cвятитель Филипп завещал похоронить его рядом с могилой своего духовного учителя Ионы Шамина (+1568). Захоронение наставника святителя и сейчас находится в усыпальнице.

У восточной стены усыпальницы упокоены соловецкий игумен, преподобный Иаков (+1597), у северной — еще один настоятель обители, преподобный Антоний (+1612).

Во дворике перед церковью преподобного Германа устроен некрополь. В него перенесены плиты с разрушенного в 1930-е годы монастырского кладбища. Некрополь создан в 2003 году Соловецким музеем-заповедником. Здесь находятся надгробия с могил архимандритов Макария (+1825), Димитрия (+1852), Порфирия (+1865), Феофана (+1871), монахов Феофила (+1827) и Наума (+1853), последнего кошевого атамана Запорожской Сечи Петра Кальнишевского (+1803), известного на Севере благотворителя Афанасия Булычева (+1902) и другие.

В Германовском дворике, находящемся в самом центре монастыря, всегда благодатная тишина и покой, как всегда бывает в тех местах, где упокоены праведники.