Анзер — второй по величине остров архипелага — отделен от Большого Соловецкого пятикилометровым проливом. В ранний период существования Соловецкого монастыря на этот остров удалялись иноки для пустынножительства, в XVI веке здесь были устроены монастырские солеварни и рыболовные тони, а в 1583 году для нужд работных людей на остров из монастыря перенесли деревянную церковь во имя святителя Николая.

В 1620 году на острове, на берегу длинного узкого морского залива, получившего название Троицкая губа, был основан Свято-Троицкий скит.

Его основателем был постриженик Соловецкого монастыря Елеазар († 13 января 1656), прославившийся как строгий подвижник и аскет, духовный наставник и учитель, образованный человек, иконописец, переписчик книг и автор нескольких аскетических произведений. Родился он в Козельске, в купеческой семье Севрюковых, в молодом возрасте ушел в Соловецкий монастырь и в игуменство преподобного Иринарха принял постриг. По благословению игумена в 1614—1615 годах монах Елеазар удалился на остров Анзер и стал жить отшельником.

Слава о его духовных подвигах распространилась далеко за пределами Поморья, и к подвижнику стали стекаться люди, ищущие уединения. Так был основан скит.

В первые годы его существования преподобный Елеазар был только духовным руководителем братии, но в 1624 году ему пришлось взять на себя и бремя управления скитом. Правила иноческой жизни для насельников были составлены самим Елеазаром, ориентировавшимся на древние образцы монашеских наставлений. Особое внимание уделялось правилам для молодых монахов и их отношениях с опытными старцами-наставниками. Вначале насельники скита жили каждый в отдельной келье, построенной своими руками, на расстоянии примерно одной версты друг от друга, трудились и собирались вместе сначала раз, затем два раза в неделю для общей молитвы; так продолжалось до 1646 года, когда собираться стали ежедневно.

В Троицкий скит около 1636 года пришел священник Никита Минов, будущий патриарх Никон, и принял здесь монашеский постриг. Он прожил на Анзере около трех лет.

В связи с ростом числа насельников, преподобный Елеазар занялся благоустройством скита. В 1650 была построена и освящена каменная Троицкая церковь с приделами в честь иконы Божией Матери «Знамение» и преподобного Михаила Малеина, недалекоот храма построены кельи. Преподобный Елеазар пользовался большим уважением царя Алексея Михайловича, и в скит поступали щедрые пожертвования.

Особое внимание к анзерским пустынножителям проявлял и Александр (Булатников), выходец из знатного боярского рода, постриженик Соловецкого монастыря, с 1622 года - келарь Троице-Сергиева монастыря и восприемник от крестной купели царских детей. Вернувшись в 1642 году на Соловки, он даже решил поселиться на Анзере, построив там на свои деньги две кельи, но планы изменились, и Александр передал обе кельи в Троицкий скит.

Основатель скита преподобный Елеазар преставился 13 января 1656 года и был погребен к востоку от алтаря Троицкой церкви. Впоследствии рядом с ним были погребены два его любимых ученика Никодим и Никифор. В 1757 году состоялось открытие мощей преподобного Елеазара.

Вскоре после кончины преподобного Елеазара в истории скита произошли трагические события: сначала набеги грабителей, а потом и разорение за поддержку монастыря во время «Соловецкого сидения». В XVIIIвеке в скиту были произведены значительные перестройки. В XIX веке он становится местом массового паломничества.

До нашего времени не дошли древние постройки скита за исключением частично сохранившейся трапезной XVII века. Существующая каменная Троицкая церковь с приделом во имя преподобного Михаила Малеина, третья по счету, сооружена в 1880-1884 годах, она примыкает к двухэтажному келейному корпусу, построенному в 1803 году. Из деревянных построек сохранились бревенчатый двухэтажный дом для трудников, скотный двор, конюшни, амбары.

В километре от скита, по дороге на Троицкую спасательную станцию, находится источник с очень чистой и вкусной водой. Рядом с источником - крест, установленный ровно за день до большевистского переворота, о чем гласит сделанная на нем надпись: «При строителе Пармене поставлен иеромонахом Ефремом 1917 года октября 24-го».