Савватиевская пустынь была основана в 12 верстах к северо-западу от монастыря, на месте, где в течение шести лет жили первооснователи обители преподобные Савватий и Герман, придя на Соловки в 1429 году. Место выбрано не случайно: всего в километре находится выход в море — Сосновая губа, рядом — озеро и невдалеке прекрасный ориентир — гора. «Видевшие же место некое стройно и водрузиста хижицу себе близ езера и малым вдалее моря имущее яко поприще едино… и ту начат преподобныи к трудом труды прилагати», — сообщает старинное житие. Вскоре пустынниками была возведена деревянная часовня, куда поставили привезенную преподобным Савватием икону Божией Матери «Одигитрия».

До XVIII века в пустыни селились лишь монахи-отшельники. В 1757 году старая часовня была отремонтирована, устроены новые кельи «с сенми и полатями», на озере построена пристань. А спустя два года были построены еще одна изба с сенями и новая конюшня, а также расчищена дорога, связывающая пустынь со старой Исаковской дорогой на монастырь.

В ХIХ веке пустынь стала местом, где летом жили монастырские рыбаки и сенокосцы. Была увеличена площадь лугов, построены жилые корпуса, на канале, соединяющем озеро с морской губой, сооружена валунная баня, а в стороне, у доро ги, — каменная конюшня. Для паломников построена вместительная гостиница.

Наиболее масштабное строительство в пустыни начинается во второй половине ХIХ века. В 1858—1860 годах при настоятеле монастыря архимандрите Порфирии, в память избавления обителиот англичан в Крымскую войну, построена каменная церковь в честь Смоленской иконы Божией Матери «Одигитрия» по проекту архитектора Шахларева. В трехъярусном иконостасе храма слева от царских врат помещалась икона, привезенная преподобным Савватием, внизу которой была сделана надпись: «В 1543 году сей образ Пресвятыя Богородицы обретен игуменом Филиппом. А привезен первым на остров Савватием чудотворцем».

Рядом с храмом находилась старая деревянная часовня во имя преподобного Савватия, сооруженная в память первоначального пребывания пустынника на этом месте. В часовне находился деревянный крест с надписью: «…сий крест поставил Филипп, игумен Соловецкого монастыря».

После освящения храма пустынь получила устав заштатного общежительного скита.

В 1886—1890 годах строители из Великого Устюга возвели в пустыни каменный двухэтажный келейный корпус. Чуть позднее здесь были построены еще два деревянных жилых корпуса. В скиту постоянно проживали до восьми человек во главе со строителем-иеромонахом из монастыря. Здесь ежедневно совершались богослужения: утрени, литургии и вечерни с монастырским правилом. В летнее время в скит приезжало множество паломников.

Во времена лагеря в скиту до 1925 года содержалась большая группа «политиков» — эсеров, меньшевиков, а после вывоза их в июле 1925 года на материк, Савватиево превратилось в обычную лагерную командировку.

В период Великой Отечественной войны на территории скита располагалась школа юнг ВМФ, размещались учебные классы, штаб и жилье для командно-преподавательского состава.

В послевоенные годы вокруг скита поддерживались сенокосы, жили наемные рабочие Учебного отряда Северного флота. В 70-е — 80-е годы ХХ века скит несколько раз безуспешно пытались приспособить для базы отдыха.

Летом 1994 года возобновилась монашеская жизнь в Савватиевском скиту.

Монахи начали приходить туда по одному — для уединенной молитвы и отдыха.

Рядом с братским корпусом были разбиты огороды и устроены теплицы, где выращиваются овощи для монастыря.

В дальнейшем в скиту стал постоянно проживать один из иноков. С началом огородных работ на помощь к нему приезжают братия монастыря и паломники.

В 2002 году на месте кельи преподобных Савватия и Германа был установлен четырехметровый поклонный крест.

Летом 2005 года начались реставрационно-восстановительные работы в храме в честь Смоленской иконы Божией Матери «Одигитрия». Реставрация интерьеров закончилась осенью 2009 года.

Немногим ранее над храмом была установлена глава и обновлены его фасады. Продолжается реставрация колокольни. Богослужения в храме пока совершаются лишь в престольный праздник.