В 2003 г. в церкви преподобного Германа было обнаружено погребение архиепископа Маркелла, постриженника Соловецкого, бывшего игуменом после Варфоломея с 1639 до 1645 гг. В настоящее время значительная часть мощей святого пребывает в домовом храме Соловецкой обители, ковчег, который находится в храме свт. Филиппа, а в летние месяцы переносится в Спасо-Преображенский собор, содержит фрагменты честных останков святителя Маркелла.
В житии преподобного Иринарха говорится, что, когда игуменом еще был Варфоломей, Маркелл видел необыкновенный сон. Он как бы оказался в церкви Преображения Господня и, сотворив начало молитвословию, встал у стены у западных дверей. И увидел лестницу, достигающую от земли до верха большой главы. И по той лестнице видел сходящего преподобного игумена Иринарха, который, сойдя с лестницы, остановился перед царскими вратами. Тут же он увидел и игумена Варфоломея, стоящего возле игуменского места. Игумен же Иринарх, воззрев на Варфоломея, подошел к нему и взял посох из руки его, сказав со властию: «Довольно ти есть, брате! Несть бо сие твое дело». После же воззрел и на Маркелла со словами: «Приближися семо Маркелле! И возьми посох сей». Маркелл же с благоговением приблизился и поклонился ему до земли, и блаженный дал ему посох и благословил его.
Очнувшись от сна Маркелл удивлялся виденному, но вскоре царским повелением игумен Варфоломей был от игуменства отстранен, а на его место поставлен во игумена Маркелл. Ему царь Михаил Феодорович повелел (в 1641 году, августа в 4-й день) в церкви преподобных отец Зосимы и Савватия, где почивают чудотворные мощи их, отправлять ежедневно Божественную литургию и прочую по уставу церковную службу. В 1642 году Святой Соловецкий игумен Маркелл был вызван в Москву для участия в избрании нового первосвятителя Русской Церкви вместо почившего более года назад Святейшего патриарха Иоасафа I.