Одним из самых трагических периодов монастырской истории по праву считается время Соловецкого сидения (1668−1676). Бунт братии, несогласной с церковными реформами патриарха Никона, вылился в противостояние царскому войску. Соловецкое восстание, подавленное воеводой И. А. Мещериновым, который вел осаду по всем правилам войны, привело к значительным человеческим жертвам с обеих сторон, а также ослабило духовные традиции и экономическое положение островного монастыря.
С Соловецким монастырем связано основание, возобновление и существование семи северных монастырей, в его ведении находились до 30 приходских церквей. Тысячи богомольцев ежегодно приезжали в монастырь и получали здесь духовную помощь. В 1765 году монастырь стал ставропигиальным, то есть перешел в непосредственное подчинение Святейшего Синода.
Монастырь был не только духовным, но и крупнейшим культурным центром.
Соловецкий монастырь совмещал свой монашеский подвиг с гражданским долгом: начиная с конца ХVI века, он становится защитником северных рубежей России.
После секуляризации монастырских земель в 1764 году монастырь начал более интенсивно развивать монастырское хозяйство на островах, где находилось до 40 различных производств. В результате разумного хозяйствования и природопользования острова Соловецкого архипелага достигли весьма высокой степени благоустройства. К началу ХХ века у монастыря было 10 скитов и пустыней, 17 храмов (31 престол), около 30 часовен. До самого своего закрытия в 1920 году Соловецкий монастырь был одним из самых почитаемых в России.