В Великий пост царь Иоанн IV Грозный вызвал игумена Филиппа в Москву, желая восприятия им сана митрополита Московского и всея России. «Один беглый взгляд на царя должен был произвести тяжелое впечатление на благочестивого игумена; беспокойный, раздражительный вид мог поведать опытному иноку всю несчастную повесть души царевой, пожираемой страстями. Царь надеялся, что найдет в Филиппе советника, ничего не имеющего общего с мятежным, по мнению Иоанна, боярством, как удаленный от него сначала образом мыслей и правилами воспитания, потом монашеством на острове Белого моря. Самая святость Филиппа в глазах царя должна была служить укором для бояр недостойных и нечестивых. Государю казалось, что если он вручит подобному человеку жезл первосвятительский, то угодит Богу ревностью ко благу Церкви и для себя обретет надежного молитвенника и духовного утешителя. Притом он надеялся, что смиренный отшельник не станет вмешиваться в дела государственного правления, а сияя добродетелью, будет и царя освящать ею в глазах народа. Он принял соловецкого игумена с честью, говорил с ним дружески и, наконец, объявил, что желает видеть его на кафедре митрополита.
Игумен Филипп долго не соглашался принять высокий духовный сан. «Не могу, — говорил он со слезами, — принять на себя дело, превышающее силы мои, отпусти меня Господа ради; зачем малой лодье поручать тяжесть великую?» Царь настаивал на своем. Филипп объявил наконец, что исполнит волю царя, но с тем, чтобы уничтожена была опричнина, от которой страдает держава Русская. Иоанн Васильевич отвечал, что опричнина нужна для царя и для царства, что против него все злоумышляют. Святители уговорили соловецкого игумена подчиниться воле грозного царя: «Не вступаться в дела двора и опричнины, после поставления не удаляться от дел митрополии за то, что царь не уничтожит опричнины, советоваться с царем, как советовались прежде митрополиты». Но святой Филипп оставил за своей совестью свободу и долг печаловаться за невинно гонимых и говорить о правде евангельской" [7. С. 101−102].
25 июля игумен Филипп был посвящен в сан митрополита.
6 августа, в праздник Преображения Господня, в Соловецком монастыре был освящен вновь построенный каменный Спасо-Преображенский собор. Строительство главного храма обители продолжалось под руководством святого игумена Филиппа около восьми лет.
Возводили храм новгородские зодчие Салка и Столыпа. Иконы в храм писали иконописцы из Великого Новгорода Гаврила Старой, Илья и Крас [86. С. 286].
8 августа мощи преподобных Зосимы и Савватия «были перенесены в новоустроеннyю во имя их придельную церковь при храме Преображения Господня. В похвальном слове, произнесенном одним из иноков, говорилось: „Кто когда просил чего полезного у честных рак их — и не был услышан? Или кто призывал с верою святые их имена — и не был избавлен от язвы душевной и болезни телесной? Они — пастыри и учителя наши, стена нам и ограждение, похвала великая и к Богу дерзновение. Итак, подобает нам, братия, веселиться духовно и праздновать светло, взирая на раки преподобных отцов наших, в которых покоятся святые мощи их, источающие реку чудес во все концы земли Русской. Эти раки для нас богатство некрадомое и сокровище неистощимое. Ты сам, преподобный Зосима, сказал ученикам своим: „Если по моем отшествии это святое место станет умножаться монахами и изобиловать потребным, то по сему разумейте, что обрел я дерзновение у Бога и молитва моя приятна Ему“. Ныне, братия, не свидетельствуют ли сами дела во святой обители нашей о том, что обещал преподобный отец наш Зосима? Не умножалось ли потребное молитвами его даже до сего дня? Не по всей ли стране Русской прославили Своих угодников Господь Бог и Пресвятая Богородица? Радуйтеся, преподобные отцы Зосима и Савватий! Вы непроходимую пустыню сделали обителью множества иноков. Отовсюду вы привлекли учеников и научили ревновать своему ангелоподобному житию, просветили эту страну северную своим житием и наставили нас ко всякому благочестию“» [3. С. 47−48].