В них царь Алексий сообщал своему любимцу, что по случаю кончины Святейшего Патриарха Иосифа «сделалась вдовствующею мати наша Соборная и Апостольская Церковь», и умолял его поспешить возвращением в Москву, чтобы поскорее приступить к избранию нового первосвятителя, давая ясно понять Никону, что он хочет видеть его патриархом всея Руси.
Митрополит не мог ослушаться царского повеления и ускорил свой путь. Пересев на речные суда, отправились вверх по реке Онеге и 20 июня вечером достигли Каргополя. За версту от города святые мощи были встречены духовенством с крестами и множеством народа. В городе мощи были внесены в соборную церковь Рождества Христова, и митрополит Никон отслужил перед ними молебен. На другой день Никон совершил здесь литургию и после полудня продолжал плавание по рекам и озерам до пристани Волока-Короткого, откуда сухим путем направился к Кириллову монастырю. В деревне Взвозе, принадлежащей названной обители, раку с честными мощами поставили опять в судно и плыли реками Шексною и Волгою до Ярославля, куда после пятидневного плавания и прибыли 30 июня. Здесь плавание должно было окончиться, и Никон, не теряя времени, продолжал дорогу сухим путем через Переяславль Залесский на Троице-Сергееву лавру. 3 июля, не доезжая верст семи до обители преподобного Сергия, митрополит Никон остановился в ожидании царского указа; но так как никаких грамот от царя не было получено, то утром 4 июля, накануне дня обретения мощей преподобного Сергия, мощи свт. Филиппа были торжественно внесены в лавру и поставлены в соборе Живоначальной Троицы.
Никон служил здесь молебен и литургию и после обеда отправился далее, спеша согласно прежнему царскому указу скорее достигнуть Москвы. Но едва он успел отъехать шесть верст, как был встречен государевым стольником с запоздавшим царским повелением остановиться в Троице-Сергиевой лавре и ждать здесь дальнейших распоряжений. Чтобы не возвращаться назад, Никон расположился ожидать повелений в селе Воздвиженском, в 12 верстах от Троицы. Святые мощи не были внесены в местную деревянную церковь за многолюдством стекавшегося отовсюду для поклонения им народа и за опасением пожара от множества горевших свечей, но были помещены под царским шатром.
Сюда же в село прибыли посланные царем для встречи и сопровождения святых мощей до Москвы митрополит Казанский Корнилий и Вологодский архиепископ Маркелл с духовенством и боярин князь Трубецкой со своей свитой.
Это новое почетное посольство прибыло в село Воздвиженское в ночь на 6 июля и утром 7-го, после молебна перед мощами святителя Филиппа, торжественное шествие снова и на этот раз уже не так поспешно направилось к Москве. Митрополит же Никон после проводов из Воздвиженского, согласно царскому повелению, отбыл вперед в Москву. 8 июля мощи святителя Филиппа были перенесены в село Ростокино и поставлены в шатре близ церкви за невозможностью пронести их через узкие церковные двери.
Между тем в Москве готовилась царем великолепная встреча первосвятителю Христову. Она состоялась 9 июля.
Рано утром весь путь от Кремля до нынешней Крестовской заставы был занят толпами народа. Из Успенского собора вышел крестный ход. Во главе многочисленного духовенства и архиереев шли митрополит Никон и митрополит Варлаам Ростовский. За ними в богатейшем наряде с драгоценным посохом в руке шествовал сам царь, окруженный блестящей свитой.
Крестный ход был уже за Сретенскими воротами, у Напрудного, когда показалось шествие со святыми мощами, которые были приостановлены подле приходской церкви Троицы на Капельках, на месте, доныне называемом «у Креста», потому что в память описываемого события здесь поставлен дубовый крест, сохраняющийся и теперь в часовне. Тут произошло неожиданное и печальное событие. Престарелый митрополит Варлаам, несмотря на все убеждения царя, хотевший принять участие в торжестве, так изнемог от утомления, что, не успев достигнуть раки святителя Филиппа, сел в кресла и скончался. Отдав нужные распоряжения, государь поспешил навстречу святому Филиппу. Он пал на землю перед его нетленными останками и со слезами умиления благодарил Господа, давшего ему узреть мощи святого угодника Божия, возвращающегося со славою в первопрестольный град, откуда он так позорно был изгнан его царственным предком. После того рака со святыми мощами была принята царем и боярами на головы и шествие направилось через город к Кремлю. Оно живо описано самим царем в письме к одному воеводе.
Стечение народа по всему пути от Напрудного до кремлевских соборов было настолько велико, что «нельзя было и яблоку упасть». Среди пения и звона колокольного раздавались вопли бесчисленных больных, которые на коленях или лежа на одрах взывали к угоднику Божию о помощи. Произошло при этом несколько чудесных исцелений. При встрече у Напрудного получила исцеление немая и бесноватая женщина, которая тут же стала говорить и сделалась совершенно здоровой. У Лобного места произошло другое чудо — исцеление девицы. Когда же святые мощи были поставлены на Лобном месте для молебна и сразу стали видимы даже стоявшим вдали, то все прослезились, умиленные видом торжества, с которым пастырь, изгнанный напрасно, возвращается опять на свой престол. Медленно подвигаясь сквозь густые толпы народа, священная процессия достигла Кремля, где на площади у Грановитой палаты еще был исцелен слепой. Наконец, святые мощи были внесены в Успенский собор и поставлены на том самом амвоне, с которого святой митрополит Филипп при жизни раздавал благословение, поучал паству и обличал грозного царя. Тотчас же по внесении святых мощей в собор отслужена была Божественная литургия. Десять дней стояли мощи святителя Филиппа среди собора, переполненного с утра до вечера молящимися, и при них — неутомимый в своей ревности Никон, читавший молитвы над больными и благословлявший людей от имени новоявленного чудотворца. Все эти дни раздавался звон колоколов, как на святой неделе; радость была всеобщая.
Перед святыми мощами постоянно служили молебны, и от них изливались новые чудеса. Не было дня, пишет царь, чтобы кто-нибудь не получил исцеления; самое меньшее, когда в сутки исцелялось двое или трое, но было по пяти, шести и даже до семи чудесных исцелений, и не только болевшие восемь лет, но и двадцать и тридцать лет страдавшие всякими болезнями, кровоточивые и бесноватые, с равной легкостью исцелялись. Поразительный случай исцеления жены Стефана Вельяминова. Будучи слепой и глухой восемь лет, она кроме того страдала еще и головной болью. Страдания эти настолько усилились, что она уже велела читать отходную и забылась, но явился ей чудотворец и сказал: «Вели себя нести к моему гробу!» И как только ее принесли к мощам святителя Филиппа, она в тот же час прозрела, начала слышать, встала на ноги и, возблагодарив Бога и Его великого угодника, пошла домой вполне здоровой.
17 июля в Успенском соборе происходило особое празднество перед мощами святителя Филиппа по случаю их перенесения. Накануне этого дня торжественно отслужены были вечерня и всенощное бдение, а в самый праздник — литургия. На все богослужения выходил государь в праздничном наряде. Празднество закончилось обильным угощением у государя. Можно думать, что именно в этот день мощи святителя, переложенные в новую серебряную раку, были поставлены на приготовленное для них место — с правой стороны собора, близ иконостаса, у придела святого великомученика Димитрия Солунского. Здесь они находятся и доныне.