Святые подвижники молились образам Спасителя и Пресвятой Богородицы, которые они носили с собой. Это были небольшие иконы «пядницы» — размером в «пядь».
Согласно сообщениям исторических источников, игумен Филипп (Колычев) отыскал святыни, связанные с именами основателей обители. Среди них икона Пресвятой Богородицы Одигитрии, принесенная на Соловецкий остров преподобным Савватием. Выбор именно этого образа не случаен: святая Одигитрия (Путеводительница) по сокровенному желанию боголюбивого инока могла управить путь его к пустынному острову. Эта икона находилась либо в его келье, либо в часовне. Образу Божией Матери Одигитрии суждено было стать первой из почитаемых Богородичных икон, принесенных на Соловецкие острова.
Святой игумен Филипп, восстанавливая монастырь после опустошительного пожара 1538 года и воссоздавая его былое благолепие, желал обрести местные святыни. Если икона Пресвятой Богородицы, принадлежавшая преподобному Савватию, и не сохранилась, то, несомненно, осталось живое предание, и утраченный древний образ заменили новым, ему подобным. Как выглядела икона, принесенная преподобным Савватием — неизвестно. Вероятно, это был образ, напоминавший либо Одигитрию преподобного Кирилла, чтимую в Кирилло-Белозерском монастыре, либо Одигитрию Смоленскую, почитаемую во всех русских землях. Переписные монастырские книги 1570, 1582, 1597 и 1676 годов «молением преподобного Савватия чудотворца» называют образ Богоматери Одигитрии, на полях которого имелись изображения преподобных Зосимы и Савватия, а также апостола Филиппа — небесного покровителя игумена Филиппа (Колычева). Очевидно, что икона была исполнена по его заказу.
Архимандрит Досифей (1836 год) упоминает икону Пресвятой Богородицы преподобного Савватия среди «древностей и достопамятных вещей, хранящихся в ризнице» монастыря. При этом он сообщает, что образ, принесенный преподобным Савватием, находится в часовне при подворье в Губернском городе Архангельске.
Рядом с серебряным ковчегом, в котором покоились частицы святых мощей святителя Филиппа, находилась икона Божией Матери «Словенская». Она была покрыта басменным золоченым окладом с венцами и убрусом; на тыльной стороне надпись: «Моление игумена Филиппа».
Над раками Соловецких чудотворцев в Свято-Троицком соборе, построенном в 1859 году с южной стороны Спасо-Преображенского собора, в золоченой резной сени стоял Деисус, вклад святого игумена Филиппа 1561 года.
Над царскими вратами помещалась еще одна святыня — икона Спасителя с припадающим преподобным Михаилом Малеиным, тезоименитым святым царя Михаила Федоровича, в золоченом серебряном окладе, с золотыми венцами и цатами с драгоценными камнями и жемчугом — царский вклад 1614 года.
В алтаре Спасо-Преображенского собора, у Горнего места, находился достопамятный образ Богородицы Троеручицы «древнего греческого письма» привезенный первоначально в Москву со святой горы Афон при Святейшем Патриархе Московском Никоне.
В середине XIX века появились новые святыни, в почитании которых вспоминались исторические события недавнего прошлого. Над западными входными дверями паперти Спасо-Преображенского собора помещалась большое настенное изображение «Знамение Пресвятой Богородицы». На святом лике остались язвины от пушечных ядер, пробивших фреску и не разорвавшихся (нападение на монастырь англичан в 1854 году). Внизу, при входе на паперть, по обе стороны дверей, на гранитных каменных плитах помещались пространные летописи, излагающие чудесное событие.
В конце XIX века в монастыре почитался «невредимо стоящий на открытом воздухе» Нерукотворный образ Спасителя на Святых вратах. Местное предание относило его написание к 1624 году и связывало с именем преподобного Елеазара Анзерского.