Скит на горе основан в ХIХ веке. В 1860—1862 годах при настоятеле монастыря архимандрите Порфирии здесь возвели каменный трехъярусный одноглавый храм по проекту архангельского губернского архитектора Шахларева, много потрудившегося на Соловецкий монастырь. На первом ярусе находился престол в честь чуда архистратига Михаила в Хонех, на втором — в честь Вознесения Господня, третьий небольшой ярус служил колокольней с четырьмя колоколами.
В летнее время скит был одним из излюбленных мест для паломников. Сюда приезжали, чтобы побывать на месте чуда, происшедшего много веков назад и полюбоваться незабываемыми видами острова.
Побывавший здесь В.И. Немирович-Данченко писал: «Весь Соловецкий остров раскидывался далеко внизу со своими лесами, озерами, полянами, церквями, скитами, часовнями и горами. Какие нежные переливы красок, какие мягкие изгибы линий. Тут — темная зелень соснового леса, там — изумрудный простор пойменного луга и повсюду — серебряные щиты изящных озер… Соловецкие острова — венец, а Секирная и Голгофа — адаманты венца сего, — говорили мне монахи об этих местностях».
4 июня 1992 года, в праздник Вознесения Господня, впервые после длительного перерыва в Вознесенском скиту на Секирной горе была совершена Божественная литургия.
В августе 1993 года музей-заповедник «Коломенское» передал в обитель предметы, ранее принадлежавшие Соловецкому монастырю, среди которых была икона «Чудо архистратига Михаила в Хонех» XIX века, теперь она находится в одноименном храме Вознесенского скита на горе Секирной.
19 октября 2003 года близ дороги при подъезде к Секирной горе был воздвигнут еще один поклонный крест.
20 июля 2006 года поисковой экспедицией, организованной Соловецким музеем-заповедником, была вскрыта и обследована одна из могильных ям на юго-западном склоне Секирной горы, где в лагерное время размещался штрафной изолятор. В яме были обнаружены останки 26-ти расстрелянных — свидетельство еще одной страшной страницы соловецкой истории. Насельники Вознесенского скита совершили панихиду по убиенным рабам Божиим, затем останки предали земле. На могиле установили крест. По указу Святейшего Патриарха Алексия в 2003 году в Свято-Вознесенском скиту на Секирной горе возобновилась монашеская жизнь. Начальником скита по настоящее время остается иеромонах Матфей (Романчук).
21 ноября 2007 года, в праздник Собора архистратига Михаила и прочих Небесных сил бесплотных, на Секирной горе была освящена часовня в честь новомучеников и исповедников Российских. Внутреннее убранство часовни очень простое: икона Собора новомучеников Российских да кипарисовый крест, вырезанный одним из насельников скита.
21 августа 2008 года, в день праздника перенесения мощей преподобных Зосимы, Савватия и Германа, на Секирной горе был установлен шестиметровый поклонный крест красного цвета в честь новомучеников и исповедников Соловецких. Он находится у начала тропы, ведущей к месту массовых расстрелов узников лагеря. Освятил его архимандрит Мефодий (Морозов), исполняющий обязанности наместника монастыря. После воздвижения креста была пропета заупокойная лития.
В 2005 году в скиту началась реставрация Свято-Вознесенского храма, были восстановлены росписи придела в честь Чуда Архистратига Михаила в Хонех и начата реставрация келейного корпуса.
Днем 21 августа Святейший Патриарх Кирилл посетил храмы обители и экспозиции, посвященные узникам СЛОНа, среди которых был и его дед, иерей Василий Степанович Гундяев. Святейший Патриарх побывал в одном из мест его заключения — на Секирной горе, где молился в храме Вознесенского скита. Во время последующих посещений Соловецкого острова Святейший Патриарх неоднократно приезжал в Свято-Вознесенский скит, возглавлял Божественную Литургию и молился в на местах памяти заключённых.
Вознесение Господне. В честь Вознесения Господня освящен престол в верхнем ярусе храма на Секирной горе.
В день праздника совершается Божественная Литургия. Богослужение завершается братской панихидой.
6 / 19 сентября — Воспоминание Чуда Архистратига Михаила, бывшего в Хонях. Придел в честь чуда Архистратига Михаила в Хонех расположен в нижнем ярусе церкви на Секирной горе.
Богослужения в храме совершаются регулярно.
«Во всем должен быть промысл Божий». Интервью с иг. Матфеем (Романюком)