Святые подвижники молились образам Спасителя и Пресвятой Богородицы, которые они всегда носили с собой. Это были небольшие иконы, так называемые «пядницы», размером в «пядь» (расстояние между концами большого и указательного пальцев открытой ладони).
Святой игумен Филипп, восстанавливая монастырь после опустошительного пожара 1538 года и воссоздавая его былое благолепие, желал обрести местные святыни. Если икона Пресвятой Богородицы, принадлежавшая преподобному Савватию, не сохранилась, то, несомненно, осталось живое предание, и утраченный древний образ заменили новым, ему подобным. Как выглядела икона, принесенная преподобным Савватием, — неизвестно. Вероятно, это был образ, напоминавший либо Одигитрию преподобного Кирилла, чтимую в Кирилло-Белозерском монастыре, либо Одигитрию Смоленскую, почитаемую по всей Руси. Переписные монастырские книги 1570, 1582, 1597 и 1676 годов «молением преподобного Савватия чудотворца» называют образ Богоматери Одигитрии с изображением на полях преподобных Зосимы и Савватия , а также апостола Филиппа — небесного покровителя игумена Филиппа (Колычева). Очевидно, что икона была исполнена по его заказу.
Архимандрит Досифей (1836 год) упоминает икону Пресвятой Богородицы преподобного Савватия среди «древностей и достопамятных вещей, хранящихся в ризнице» монастыря. Он сообщает, что образ, принесенный преподобным Савватием, находится в часовне при подворье в Губернском городе Архангельске.
Рядом с серебряным ковчегом, в котором покоились частицы святых мощей святителя Филиппа, находилась икона Божией Матери «Словенская», покрытая басменным золоченым окладом с венцами и убрусом. Надпись на на тыльной стороне гласила: «Моление игумена Филиппа».
В построенном в 1859 году Свято-Троицком соборе над раками Соловецких чудотворцев в золоченой резной сени стоял Деисус, вклад святого игумена Филиппа 1561 года. Над царскими вратами находилась икона Спасителя с припадающим преподобным Михаилом Малеиным (тезоименитым святым царя Михаила Федоровича), в золоченом серебряном окладе, с золотыми венцами и цатами с драгоценными камнями и жемчугом — царский вклад 1614 года.
В алтаре Спасо-Преображенского собора, у Горнего места, находился достопамятный образ Богородицы Троеручицы «древнего греческого письма» привезенный первоначально в Москву со святой горы Афон при Святейшем Патриархе Московском Никоне.
В середине XIX века появились новые святыни, почитание которых было связано с историческими событиями недавнего прошлого. Над западными входными дверями паперти Спасо-Преображенского собора было размещено большое настенное изображение «Знамение Пресвятой Богородицы». На святом лике остались язвины от пушечных ядер, пробивших фреску и не разорвавшихся. Произошло это во время нападения англичан на монастырь в 1854 году. Внизу, при входе на паперть, по обе стороны дверей, на гранитных каменных плитах помещались пространные летописи, излагающие это чудесное событие.
В конце XIX века в монастыре почитался «невредимо стоящий на открытом воздухе» Нерукотворный образ Спасителя на Святых вратах. Согласно местному преданию, образ был написан в 1624 году преподобным Елеазаром Анзерским.